Talk:SubtiPathways

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General comments about all diagrams

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Carbon metabolism

Central carbon metabolism

• Please check whether the "y" genes in the diagrams have already new names. For example, yqjH is polY1. If you are on the PolY1 page in subtiwiki and you get the link to the pathway it is not obvious whtat to look for (PolY1) is not in the list. Jörg

Utilization of different carbon sources

• (sugar between gluconate and xylose = beta-xylosides)

Nitrogen and amino acid metabolism

Ammonium assimilation and glutamate metabolism (incl. glutamine and arginine)

• die Anordnung der einzelnen Teile in diesem Diagramm ist suboptimal, sie sollten noch mal verschoben werden (Jörg)
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Alanine, glycine, serine

• der Glycin-Abbau über gcvT, gcvPA, gcvPB und gcvH fehlt (Jörg)
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Aspartate, asparagine

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Cysteine, methionine

• Eventuell Einbindung von Extramarkern für die S-Box (bzw. alle riboswitches)???? Es gibt ja dafür extra Seiten im Subtiwiki.

Histidine

• Description for HutU

Isoleucine, valine, leucine

• beim Abbau Acyl-CoA nicht coA

Lysine, threonine

• SpoVF hieß das früher, jetzt sind es zwei Proteine (SpoVFA und SpoVFB), die kommen ja auch im Regulationsteil vor und sind richtig zu SubtiWiki verlinkt. Man sollte da also oben auch den Komplex aus beiden reinmachen und dann das Popup-Fenster entspechend verändern. Ich kopiere diese Message auhc mal auf die SubtiPathways-Wishlist, dann könnte das in einer größeren Überarbeitungsaktion mal in Angriff genommen werden.

Phenylalanine, tyrosine, tryptophan

• pyr rot (sorry Repel :))

Proline

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Nucleotides

Gene regulation of nucleotides

• dut nicht in SubtiWiki --> ist vermutlich yncF (dUTP diphosphatase, Bezeichnung dut aus Paper Goelzer), im Diagramm ändern, Dut als Synonym übernehmen?
• RpsA nicht in SubtiWiki --> ist vermutlich ypfD (RpsA = Homolog aus E.coli, Bezeichnung aus Paper Goelzer), im Diagramm ändern!

Nucleosides catabolism

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Purine metabolism

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Purine catabolism

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Purine salvage pathways

• (RelA muss groß geschrieben werden)
• GucA nicht in SubtiWiki

Pyrimidine metabolism

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Metabolism of cofactors

CoA synthesis

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Folate biosynthesis

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Menaquinone

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Other pathways

Cellwall

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Stress response

• (PurP muss PurS sein)
• (SpoVt muss SpoVT sein)
• (sigB groß)
• sigF groß
• glutamate (bei Prolinsynthese) lila

Sulfate assimilation

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tRNA charging

• Arne, wir hatten doch eine Extra-Diskussion über die Rolle von TilS. Das fehlt hier aber! Jörg